南瓜是喜溫瓜菜，不耐低溫儲存，但屬于適應性較強的蔬菜。常溫通風條件下儲存2～3個月時間。
如何采收南瓜?儲存南瓜采收的標準為果實長至九成熟、果皮堅硬、肉厚水少,瓜皮的保水能力強、呈現出固有的色澤、果面布有蠟粉。采收不宜過早,過早瓜嫩皮薄，含水量高,容易碰傷腐爛;也不能過遲采收,過遲則皮堅硬，肉松軟,瓜肉易于皮脫開。
注意:
要儲存的南瓜不能遭受霜打，要早播，以便在霜前即適當采收。
宜選用主蔓上的第二個瓜，根瓜不宜儲存。
采前1周停止灌水，防止水分含量太高。
采收應在早氣溫較低、瓜體涼爽時進行，采摘時要謹防機械受損,特別要禁止滾動、拋擲。
儲存的南瓜采摘時要保留段瓜柄， 通常用剪刀留長約3cm的瓜柄剪下。
黃山南瓜保鮮庫儲存參考:
儲存溫度: 10～15℃
相對濕度: 70%～75%
儲存時間: 60～200天
黃山南瓜的儲存方法
1、堆藏 地面堆碼貯藏 選用沒有直射光、空氣流通,土質或紅磚地面的空屋作貯藏室。地面墊5厘米厚稻草或麥秸,將老熟、無損傷南瓜堆上。堆放時，保持南瓜挨著地面的方向向下，瓜蒂朝里瓜頂向外碼成圓錐形。每堆15～20個,大型瓜不要堆得太多，防止擠壓,并有利于通風。初期夜間開窗通風換氣,白天關閉遮陽，保持室內空氣新鮮、干燥和涼爽;冬季關閉門窗防寒。
2、架式分層貯藏 貯藏室內用竹木或角鐵搭成分層貯藏架,每層高度比南瓜高8～10厘米。每層見藏架上鋪5厘米厚稻草或麥秸。南瓜擺放狀態與堆藏相同,架式分題:藏效果優于地面貯藏。
3、地窖低溫貯藏 地上鋪墊5厘米厚的細沙或麥秸、稻草,堆放2～3層瓜;也可搭架子將南瓜放在架子上。
窖內溫度控制在10℃左右,相對濕度保持70%～80%。
